滬杭客專嘉興南站工程位于嘉興市南湖區余新鎮，屬中型站，中心里程為DK83+430，車場設計規模為4站臺面8線。中心里程DK83＋430處設寬度12米旅客進站跨線天橋一座，中心里程DK83＋455.5處設洞身凈寬10米的旅客出站地道一座。